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En 2007, Bill Gates visitó Colombia, como conclusión de su visita quedó claro que era necesario aprovechar la megadiversidad colombiana a través de un centro de investigación de alto nivel en el  país que desarrollara y aprovechara su gran potencial en los campos de la Bioinformática y la Biología Computacional.  Esta idea apuntaba al logro de los objetivos en innovación y desarrollo económico del gobierno nacional por lo que en 2008 se inició su creación, gracias a un acuerdo de cooperación entre Colciencias y el MinTic.

Se eligió a Manizales, en el centro de la región Cafetera, como lugar para ejecutar dicho proyecto, toda vez que en un radio de 200 Km de dicha ciudad, se encuentra una gran variedad de ecosistemas, pisos térmicos y cerca de 55.000 especies distintas representadas en uno de los ejemplos de flora y fauna más diversos del país. De igual manera en esta región de Colombia se encuentra una de las más altas densidades de centros universitarios de alta calidad que incluyen dentro de sus programas de estudio carreras relacionadas con ciencias de la vida e informática, insumo importante para BIOS.

Gracias a la colaboración de la Alcaldía de Manizales, BIOS, opera actualmente en el Ecoparque de Selva Húmeda tropical, Los Yarumos, contando desde 2013 con una de las supercomputadoras más rápidas de Latinoamérica y desde el 2015 con el muro de visualización más avanzado para investigación científica en Suramérica.