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Metagenómica

 

La metagenómica se ha convertido en una de las herramientas más sofisticadas para la detección e identificación de nuevos genes, productos, vías metabólicas y metabolitos secundarios, a través de la identificación de la composición filogenética y funcional de las comunidades microbianas en diversos ecosistemas.

BIOS cuenta con la capacidad computacional, herramientas bioinformáticas y expertos para la realización de análisis exhaustivos de datos de metagenomas para inferir la composición y potencial metabólico de comunidades microbianas presentes en diferentes ambientes.

Para llevar a cabo una reconstrucción de genomas completos a partir de una muestra metagenómica, es necesario contar con robustas herramientas bioinformáticas. Un método bastante conocido denominado “binning”, es empleado, llevando a cabo un ensamblaje de cada uno de los metagenomas encontrados por medio de una clasificación de los contigs que se ensamblan.

Los flujos de trabajo o "pipelines" para este proceo de análisis incluyen:

  • Análisis de calidad de las secuencias
  • Ensamblaje y Binning
  • Anotación funcional y estructural de los genomas

El Centro de Bioinformática y Biología Computacional –BIOS cuenta con las herramientas bioinformáticas para la realización de análisis taxonómicos y funcionales asociados a:

  • Análisis taxonómicos empleando los datos de secuenciación de ARNr 16S (o ARNr 18S en el caso de eucariotas). La información presente en estas moléculas es utilizada para la clasificación e identificación filogenética y permite el estudio de la diversidad taxonómica de una comunidad microbiana.
  • Análisis taxonómicos de genomas completos

Los análisis realizados en el Centro contemplan para cada uno de los datos obtenidos en la secuenciación masiva un pre-procesamiento, seguido de la asignación taxonómica empleando diferentes bases de datos específicas de genes ARNr 16S o ARN 18S (GreenGenes, SILVA, RDP, NCBI, rRNA-Central) y programas computacionales como MEGAN, QIIMME, RDP Classifier, herramientas que permiten su clasificación taxonómica.