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Proteómica

 

La capacidad de generar datos masivos de secuencias no se limita al ADN y ARN, también se pueden obtener datos a gran escala de proteínas. En las ultimas décadas, y de la mano de tecnologías como ultra-cromatografía líquida acoplada a espectrometría de masas, la proteómica se ha establecido como una de las herramientas mas útiles y esenciales tanto en la investigación como en la industria.

El protocolo implementado en BIOS para analizar datos derivados de técnicas con enfoque proteómico, nos permite obtener la secuencia de los péptidos analizados y en adición reconocer cuáles modificaciones post-translacionales pueden haber sufrido las proteínas, siendo una herramienta muy útil para aquellos grupos de investigación que quieran reconocer cambios puntuales debidos a modificaciones en el microambiente celular.

A partir de nuestro análisis es posible obtener un perfil de expresión de proteínas (similar a los perfiles de expresión de RNA a partir de datos derivados de RNAseq). Por ejemplo, es posible determinar si un conjunto de proteínas de interés se encuentra expresado bajo una condición especifica, o incluso, determinar las modificaciones post-translacionales que han ocurrido.

Dependiendo del objetivo del estudio y del protocolo de obtención de la muestra, es posible determinar modificaciones tan complejas como las glicosilaciones en proteínas de membrana, o determinar la expresión del conjunto de proteínas que hayan sido fosforiladas en un tratamiento específico.

A través del acelerado crecimiento y vertiginosa evolución que han sufrido las tecnologías ómicas, se ha revelado que una de las fuentes más grandes de información biológica sobre un organismo, tejido, o célula es reconocer el cambio en la expresión de los transcritos de los genes o sus productos proteicos finales, debido a la exposición a distintas condiciones medioambientales o a un acervo genético particular.

Los protocolos implementados en BIOS para el análisis de expresión diferencial para sets de datos proteómicos definen, qué modificaciones post-translacionales han ocurrido en las proteínas y sus valores de expresión.

Analizar cada uno de los genes que presentan expresión diferencial entre dos condiciones diferentes, es una tarea que puede consumir días o semanas de trabajo de un investigador, y es posible que las interacciones de co-expresión entre distintas proteínas no sean reconocidas, debido a la complejidad que posee un sistema biológico.

Los análisis de rutas metabólicas de BIOS van más allá del análisis clásico proteína-proteína, al incorporar la búsqueda de rutas metabólicas completas que puedan estar reprimidas o sobre-expresadas entre dos condiciones. Extrayendo las más recientes anotaciones de rutas metabólicas o funciones biológicas, estos análisis proveen una herramienta invaluable a la hora de entender los genes expresados o reprimidos, en una muestra en particular.