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Transcriptómica

 

Como parte de las ómicas funcionales, la transcriptómica aporta una visión amplia de la expresión genética en una célula, tejido u organismo, bajo determinada condición y momento. Los datos provenientes de experimentos de secuenciación de RNA, o RNA-seq, permiten revelar cómo los organismos responden a estímulos ambientales y de desarrollo y conocer el conjunto de genes (y sus interacciones) asociados a la expresión de una característica, con el fin de lograr un mejor entendimiento de las relaciones entre los genes y sus productos.

La expresión genética representa el nivel fundamental en el cual el genotipo da lugar al fenotipo. Esencialmente, todas las células de un organismo contienen la misma información genética; no obstante, no todos los genes están activos al mismo tiempo, ni al mismo nivel. Este hecho da lugar a perfiles de expresión diferentes para una célula dependiendo de una condición específica o momento dado, de tal manera que la expresión génica está asociada al caracter único de cada tipo celular, permitiendo la estructuración de un organismo en sus diversos tejidos, órganos y sistemas.

La identificación de los genes que se expresan de manera diferencial entre condiciones contrastantes (e.g, diferentes tipos de células o tejidos, estímulos ambientales, enfermedad o salud, estadíos de desarrollo, entre otros) es fundamental para entender la base molecular de la variación fenotípica. Así, los datos de perfiles de expresión sirven para buscar genes diferencialmente expresados que podrán estar asociados con respuestas celulares, y que luego pueden ser aplicados como marcadores genéticos a características de interés.

Nos referimos a coexpresión cuando dos genes presentan perfiles de expresión asociados, lo cual puede ser indicativo de funcionalidad génica relacionada. Este conocimiento permite descubrir o predecir la función de genes nuevos, con base en la función conocida de un gen con el cual está coexpresado. De esta manera, muchos genes se encuentran coexpresados a nivel de mRNA cuando sus productos, las proteínas, interactúan a nivel de complejos proteicos o en vías metabólicas en la célula. El conjunto de todas las interacciones conocidas entre genes con expresión relacionada se denomina redes de coexpresión.