es-ESen-US

BIOS y TACC, unidos para hacer ciencia

Gracias  a un convenio firmado en 2015 entre el Centro de Bioinformática y Biología Computacional – BIOS y el Centro de Computación Avanzada de Texas  (TACC  por sus siglas en inglés), investigadores del Centro viajaron a este estado situado en la región Sur de Estados Unidos,  en la capital de Austin,  con el objetivo de iniciar un trabajo colaborativo y conocer los recursos informáticos avanzados y los servicios que hacen posible la investigación intensiva en materia de cómputo de esta organización.

El pasado 16 de febrero, luego de 24 horas de viaje, los investigadores Carlos Diego Ferrín Ingeniero físico MSc en ingeniería electrónica Y Paulo Andrés Vélez Ingeniero electrónico MSc en Instrumentación física llegaron a la sede administrativa del TACC.

Allí se establecieron contactos iniciales con la directora de programas industriales, MBA Melyssa Fratkin. Además, conocieron  la arquitectura de la plataforma computacional (salas de servidores), entre los cuales está Stampede, una de las súper computadoras más rápidas del mundo, que puede realizar 10,000 millones de millones de operaciones por segundo.  También conocieron su muro de visualización llamado Maverick, que combina las capacidades de visualización avanzada interactiva y análisis de datos de mayor escala, así como la informática tradicional de alto rendimiento. “En el TACC cuentan con recursos equivalentes a los que tenemos en  BIOS pero en grandes dimensiones”, asegura el ingeniero Vélez.

Así mismo, durante dos días los investigadores hicieron parte del Curso de introducción a la visualización de datos , que fue dirigido principalmente por el investigador científico, Gregory Abram Ph.D. en Ciencias de la Computación de la Universidad de Carolina del Norte, encargado de visualizar datos sismológicos, quien también abordó el uso de esta plataforma en entornos de computación de alto desempeño.

En este curso se usó un programa llamado ParaView, el cual puede construir aplicaciones para analizar datos de manera más rápida  por su capacidad de almacenamiento, lo que significa una herramienta más efectiva, pues agiliza el proceso de visualización.

El ingeniero Diego Ferrín aseguró que “con un software como ParaView en nuestro servidor de BIOS podríamos generar análisis de datos genómicos y bioinformáticos para hacer visualización de una forma más fácil y práctica,  la idea es montarlo en el Centro.” Además, añadió que “la idea con este aplicativo es empezar a desarrollarlo en el marco del proyecto de regalías Caldas Bio-región, pues todo este aprendizaje se debe a este plan  y es la forma en que vamos a dejar lista una nueva aplicación operativa para el muro de visualización y con un artículo científico representativo”

El 20 de febrero, Ferrín y Vélez visitaron el Campus Central de la Universidad de Texas, ubicado en la zona central de la ciudad, donde se encuentra el laboratorio de visualización del TACC. Luego,  recibieron un entrenamiento personalizado en visualización de Big Data y uso de plataforma de supercomputación por parte del doctor Abram y Anne Bowen Ph.D. en Química Computacional 
de la Universidad de Zurich. “Dentro de ese entrenamiento vimos varias plataformas como el Software Defined Visualization (SDV), que es una iniciativa de libre acceso  de Intel  para mejorar la fidelidad visual, el rendimiento con un énfasis en el apoyo de Big Data y  plataformas de supercomputación” explicó Vélez. Agregó que también estudiaron el funcionamiento de la plataforma Ospray , que es un motor que renderiza  datos de visualización muy pesados, tal como ocurre con un flotador muy grande que no cabe en un bolso y debe desinflarse para ser guardado. El flotador es el mismo, no se ha cortado ni se ha dañado, simplemente se comprime para ser guardado y llevado a determinado lugar y después se usa en toda su dimensión.

Además de esto, los ingenieros de BIOS conocieron la plataforma Iplant, que  según Diego Ferrín “es un recurso colaborativo para biólogos, que permite hacer ciencia basada en datos, proporcionando potente infraestructura computacional para el manejo de análisis complejos”.

De la misma manera, durante el entrenamiento, se habló de realidad virtual a cargo del doctor  Bryan McCann y se  logró conocer con más detalle el muro de visualización del TACC (referencia para el que tiene BIOS), Vélez dijo que “cuando les compartimos a los científicos extranjeros las características del muro de BIOS, se quedaron sorprendidos, pues su estructura; es más práctica para analizar datos. A diferencia del muro de Texas, nuestro muro no está biselado, lo que permite tener una vista más agradable y precisa”.  Pues Diego Ferrín y Paulo Vélez, además de conocer las instalaciones y llevar a cabo las actividades en el TACC, también tuvieron la oportunidad de dar a conocer BIOS, al realizar una presentación de la organización, sus metas para este año y los proyectos que se trabajan desde el área de bioingeniería y biotecnología y de esta manera buscar iniciativas que se puedan trabajar de manera conjunta. 

La experiencia de un jardín tecnológico 

La presentación de BIOS permitió grandes oportunidades para el Centro. En primer lugar se estableció contacto con el Ph.D Luis Francisco Revilla, que es el coordinador del área de visualización y actualmente coordina también la construcción de un nuevo muro más interactivo en la sede administrativa del TACC. 

Con el doctor Revilla se habló de la posibilidad de crear un software de órdenes habladas para ese nuevo muro que está en construcción y también adicionar funcionalidades al software Display Cluster  creado en el TACC, lo que le permitiría a BIOS hacer parte de este proyecto con talento humano, creatividad e innovación.

En segundo lugar, se obtuvo una retroalimentación por parte de uno de los creadores del Display Cluster acerca de un artículo realizado en el área de bioingeniería de BIOS y que está por publicarse, dándoles seguridad a los investigadores de que la investigación está bien encaminada y puede generar gran impacto para el Centro y los científicos de esta temática.

El ingeniero Diego Ferrín aseguró que no solamente se ganó un entrenamiento genérico, otro  personalizado enfocado en  temas de biología molecular, química molecular y geología, sino también “ideas de ellos sobre nuevas aplicaciones y plataformas de visualización que llevan al cumplimiento de objetivos planteados en el Centro”.

Así mismo, el investigador Paulo Vélez afirmó que fue un  tiempo bastante enriquecedor porque refleja un crecimiento en BIOS, el cual tiene una infraestructura técnica muy avanzada y ha logrado entablar relaciones con profesionales de alto desempeño tecnológico, lo cual genera un diálogo semejante en conocimientos técnicos. “Esa tecnología que ellos están manejando, nosotros la estamos desarrollando de una forma muy avanzada en cuanto a conocimiento y capacidades de nuestro equipo” concreta el ingeniero.

Finalmente, Ferrín concluye diciendo que “es interesante darse cuenta que todo lo que uno aborda desde la academia es, en efecto, una realidad y poder estar dentro de este jardín tecnológico fue supremamente emocionante”.

BIOS continúa apoyándose en los grandes centros del mundo para fortalecer sus procesos tecnológicos y científicos. El TACC es un ejemplo claro de lo que puede llegar a ser el Centro para América Latina y cada vez se consolidan las capacidades humanas y técnicas para prestar más y mejores servicios al sector público, privado y académico del país y del mundo.

Related

Share

Post a Comment