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Lo último del genoma del café

Lo último del genoma del café

Durante dos días recibimos la visita de la investigadora Marcela Yepes de la Universidad de Cornell,  Roberto Lleras y Andrés Antonio Larrea de la compañía Pacific BioSciences (PacBio), entidad líder en tecnologías de secuenciación de última generación, con el fin de presentar los resultados y avances en un proyecto que busca catalogar y secuenciar el genoma del café en especie arábiga y eugenoides.

El algoritmo Falcon fue desarrollado para llevar a cabo esta iniciativa (ensamblar genomas complejos), y fue uno de los puntos clave en las sesiones de trabajo entre los investigadores del Centro de Bioinformática y Biología Computacional de Colombia – BIOS y los científicos visitantes de la Universidad de Cornell y Pacific BioSciences

Según Roberto Lleras, científico de PacBio y responsable del primer borrador de ensamblaje de esta secuenciación explicó que hace cerca de un año iniciaron este proceso con Marcela Yepes de la Universidad de Cornell,  “ahora estamos aquí para entrenar a los científicos de BIOS en los algoritmos que usamos, presentamos los ensamblajes y vamos a buscar posibilidades de colaboración para profundizar los estudios del genoma del café y mirar lo que ha pasado en el tema evolutivo en estas y otras especies”.

Por ahora esta investigación se encuentra en un proceso de control de calidad, en el cual hay una exhaustiva búsqueda de errores sistémicos o genéticos en las secuenciación y continuarán con nuevos procesos durante unos 3 meses; allí en donde entra BIOS a jugar un papel importante.

“Yo manejé el primer borrador, pero ahora que estamos aquí y hablé del algoritmo Falcon, lo que queremos es que en BIOS se hagan los próximos ensamblajes, incluso el ensamblaje final y yo los asesoraría para poder sacar adelante aplicaciones y más estudios sobre este tema”, aseguró Lleras.

Otro de los puntos importantes de esta visita fue la revisión y planeación de las posibilidades de secuenciación en Colombia y el papel que cumple el Centro en esa dinámica dentro del país y en la región, según Andrés Antonio Larrea, asesor de ventas de PacBio, hace ya algunos meses hay avances y trabajos conjuntos con BIOS y la Universidad de Cornell en este y otros proyectos.

“El interés por secuenciar y entender la biodiversidad del país, plantas, animales y en general catalogar la megadiversidad es muy interesante, aún más, cuando buscamos poder aprovecharla de manera sostenible en poco tiempo”, afirmó Larrea.

¿Por qué el café?

La importancia de un cultivo como el café en términos sociales, económicos y científicos es muy relevante para el futuro de la humanidad, así lo hizo ver Larrea, por tal motivo, estudiar de dónde viene, su constitución genética, evolución y características en procesos innovadores como el que se lleva a cabo les interesa a muchísimas personas.

“Debemos prevenir un colapso dramático desde una ventana genómica que estas especies tienen, porque son muy susceptibles a infecciones; entender temas de resistencia, qué cadenas tienen esos marcadores”, es una labor primordial, además hace parte de entender la biodiversidad y “cómo se relaciona con el medio y cómo podemos ayudar para que estos cultivos se mantengan y logren sobrellevar dificultades, enfermedades y el cambio climático”, confirmó Andrés Antonio Larrea.

La experiencia en este proyecto será la base para continuar con el análisis de otros cultivos productivos del país “tomaremos lo que aprendimos en este proceso, los algoritmos, los contactos, buscaremos atraer nuevos investigadores y decirles: esto es lo que tenemos y sabemos, para que esta iniciativa que nos tomó un año sea mucho más rápida y afianzar el impacto que pueden tener este tipo de investigaciones”, concluyó Larrea.

Los investigadores visitantes igualmente conocieron de primera mano los avances en diferentes materias en BIOS y se mostraron interesados en participar activamente en el programa Expedición Bio y el proyecto que lidera BIOS, Expedición Botánica – eje cafetero.

Proyectos como el análisis del genoma del café aúnan esfuerzos científicos e interinstitucionales para que programas como la Expedición BIO sean un éxito para el futuro social y económico del país.

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